A Natura 2000 területek kihirdetése utáni feladatok
A Natura 2000 területek kihirdetésétől fogva a tagállamok meghozzák a szükséges védelmi intézkedéseket. A Natura 2000 terület kedvező természetvédelmi helyzetének megőrzése vagy elérése érdekében hozott intézkedéseket vagy korlátozásokat a természetvédelmi hatóság a területről készítendő kezelési tervben határozza meg.
A kezelési tervek védett területekkel átfedésben lévő Natura 2000 területek esetében a védett terület kezelési tervével megegyeznek, hiszen azok tartalmazzák a területek természetvédelmi céljait. Ezeken a területeken, különösen a nemzeti parkok törzsterületein, a Nemeti Parki Igazgatóságok a kezelésért felelős szervezetek, sokszor a (föld)tulajdonosi jogkört is gyakorolják, így ezeknek a terveknek az elkészítése egyszerűbb. Ezeket a kezelési terveket miniszteri rendelet formájában hirdetik ki.
Nem védett Natura 2000 területek esetében úgynevezett fenntartási tervek (FT) készítésére van lehetőség. A FT készítése nem kötelező, csak egy lehetőség, hogy adott Natura 2000 terület menedzseléséhez írásban lefektetett szempontok legyenek. Ezek a tervek abban különböznek a védett területek kezelési terveitől, hogy míg utóbbiak esetében a természetvédelmi céloknak rendelődik alá a földhasználat, addig a fenntartási tervek esetében a gazdasági, társadalmi célokkal egy rangban kap szerepet a közösségi természetvédelmi cél. Ez azt jelenti, hogy a területhasználat figyelembevételével, arra és a gazdasági tevékenységet befolyásoló jogszabályi és egyéb feltételekkel, az érintettek bevonásával szükséges elvégezni a fenntartási terv elkészítését. A fenntartási tervben ezek a szempontok is megjelennek, nem csak a természetvédelmiek.
Fenntartási terveket a nem védett Natura 2000 területek esetében az EU LIFE Nature programjában nyertes pályázatok megvalósításakor, valamint külön projektekben dolgoztak ki. Egyelőre az 500-nál több haza Natura 2000 területből mindösszesen néhány 10 terület esetén készült fenntartási terv. A fenti folyamatot segíti, hogy a természetmegőrzési területekhez a Vidékfejlesztési Minisztérium illetékesei meghatározták a területek természetvédelmi célkitűzéseit. Ezekkel a célkitűzésekkel kell összhangba hozni a területek használati módjait. Madárvédelmi területekhez – annak más logikájú kihirdetése és EU-s eljárásrendje miatt – nem készültek egyelőre természetvédelmi prioritások. Az Élőhelyvédelmi Irányelv egyértelműen kifejezi, hogy a Natura 2000 területek kijelölésével nem a gazdasági fejlődés leállítása, nem zárt rezervátumok létrehozása a cél, ahol minden tevékenység tiltott. A gazdálkodás bizonyos formái a területen továbbra is folytathatók, ha az összeegyeztethető a védelemmel. A védelmet kizárólag azon fajok és élőhelytípusok szempontjából kell biztosítani, amelyek alapján a területet kijelölték. A területek védelmének megvalósítását az EU a tagállamokra bízza. Ez megvalósulhat jogszabályi tiltással, de emellett hatósági vagy a gazdálkodókkal kötött szerződéses megoldás is alkalmazható, ha a terület kedvező természetvédelmi helyzete ezáltal is megőrizhető. A hatósági védelem esetében a Natura 2000 területeken meghatározott tevékenységekhez a természetvédelmi hatóság engedélye szükséges. Ilyen lehet például a nád- és vízinövényzet levágása, növényvédőszerek felhasználása vagy bármely vadászati, halászati és turisztikai tevékenység. A gazdálkodóval kötött szerződés esetében a tulajdonos vállalja, hogy a területen a gazdálkodást a kezelési tervben foglaltak szerint végzi, például egy kaszáló esetében a kaszálást csakis a kezelési tervben meghatározott időpontokban végzi el.
A védelem, szerződés útján történő érvényesítésére a többi tagországban számos példa van. Hazánkban azonban a gazdákkal való szerződéskötés feltételrendszerének kialakítása még csak most van folyamatban. Az irányelvek a Natura 2000 területekre monitorozási és kutatási feladatokat is előírnak. A közösségi jelentőségű fajok és természetes élőhelyek védelmi helyzetének rendszeres ellenőrzése céljából azok állományát, hazai elterjedését és természetvédelmi állapotát rendszeresen ellenőrizni kell és különleges figyelmet kell fordítani a közösségi jelentőségű fajok és élőhelytípusok kutatására. Az Európában vadon élő madárfajok állományának védelméhez, kezeléséhez és hasznosításához szükséges kutatást is elő kell segíteni. A monitorozás tekintetében még nincsenek egységesített előírások és módszerek, de a hazánkban 1997 óta működő Nemzeti Biodiverzitás-monitorozó Rendszer keretében kidolgozott mintavételi eljárások jó alapot nyújtanak majd a Natura 2000 területek monitorozásához. A Natura 2000 hálózat jelentős mértékben hozzá fog járulni a vidék fenntartható fejlődéséhez, a vidéki munkaerő foglalkoztatásának növelésével, alternatív jövedelemszerzési lehetőségek teremtésével, a vidék turisztikai vonzerejének növelésével, biotermékek kereskedelmével és az agrár-környezetvédelmi intézkedésekkel. A természeti értékek megőrzése és gondozása is járhat gazdasági előnyökkel, amit már Magyarországon is számos példa bizonyít. A hálózat felállításának legnagyobb előnye, hogy Magyarország természeti értékei, egy az eddiginél magasabb szintű, európai uniós jogi védelmet kapnak, ami nagymértékben támogatja a hazai természetvédelmi törekvéseket és munkákat, elősegítve páratlanul gazdag természeti értékeink hatékonyabb védelmét. Megjegyezendő ugyanakkor, hogy a Natura 2000 hálózat egy kiegészítő eszköz a hazai természetvédelem számára. A hálózat területei nem helyettesítik a hazai védett természeti területek rendszerét, hanem azt kiegészítik.