Annak ellenére, hogy a fehér gólya közismert faj, az utóbbi időben populációja jelentősen csökkent. Az európai populáció 85%-a Kelet-, 15%-a Nyugat-Európában fészkel. A 20. század során a faj állománya drámaian megfogyatkozott, elsősorban a nyugati területeken a madarak számára kedvezőtlenebb földművelési módszerek használata és az északnyugat-afrikai telelőterületeket sújtó szárazság miatt. A faj állományának mélypontja 1984-ben volt, amikor 135 ezer párra becsülték fészkelő állományát. Több országban a kipusztulás szélére került. 2004-2005-től erőteljes védelmi intézkedések hatására már fokozatos létszám gyarapodás volt megfigyelhető, s előzetes becslések alapján mára a világállomány 230 ezerre tehető. Európai állománya kb. 120-150 ezer pár. Sok nyugat-európai országban költséges projektek keretében próbálják a megfogyatkozott populációkat megmenteni.
Magyarországon a jelenleg élő fehérgólya-populáció csupán egyharmada az 1850-es állománynak: az elmúlt néhány évtizedben a fehér gólyák száma hazánkban 8000 fészkelő párról 5500-ra csökkent. Az 1970-es évektől kezdődő védelmi tevékenységeknek köszönhetően a populáció jelenleg stabil.
Hazánkban a fehér gólya fokozottan védett faj. A Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesület (BirdLife Hungary) nemzetközi adatbázisa alapján a fehér gólya az európai szinten veszélyeztetett kategóriába (SPEC2) tartozik. A gólyák elterjedési központja Közép-Európában van, és az egyik legnagyobb állandó populáció Magyarországon található (körülbelül 5000-5500 pár, a világállomány 4%-a).
Magyarországon a fehér gólya védelme kiemelt figyelmet élvez, azonban a védelmi tevékenységek során figyelembe kell venni azt is, hogy nem csak nálunk, a fészkelőhelyén, hanem a teljes vonulási útvonalon összehangolt intézkedésekre lenne szükség. Ezt a célt az Európai Unió határain átívelő nemzetközi együttműködéssel lehet megvalósítani, amelyhez a kereteket számos nemzetközi egyezmény már biztosította (pl a berni vagy a bonni egyezmény l. http://www.nimfea.hu/egyezmenyek/index.htm)
A Be-Natur program keretében számos természetvédelmi feladatot valóístunk meg a partnerszervezetek részvételével. Ennek a programnak a tevékenységei elsősorban az Európai Unió természetvédelmi irányelvei által létrehozott Natura 2000 hálózatot fajait és élőhelyeit érintik. A fehér gólya az EU 1979. évi Madárvédelmi irányelvének értelmében közösségi jelentőségű védett madárfaj, és mivel ennek a fajnak a védelme révén egész életközösségek ökológiai feltételeit tudjuk javítani (úgynevezett ernyőfaj), valamint hazánkban kedvelt és hagyományainkban, művészetünkben is gyakran megjelenő emblematikus madár, ezért esett a Nimfea Természetvédelmi Egyesület választása a fehér gólya munkacsoport koordinálására. A munkacsoport kiemelt feladata, hogy nemzetközi fehér gólya kezelési tervet állítson össze, és ezek alapján gyakorlati természetvédelmi beavatkozásokat is végezzen a résztvevő országok területén.
A fehér gólya kezelési terv összefoglalja a faj biológiai jellemzőit, a veszélyeztető tényezőket és a faj állományának hosszú távú megőrzéséhez szükséges feladatokat. A faj védelmét szolgáló intézkedések a következő területeket foglalják magukba:
- A táplálkozóterületek megőrzése és megfelelő állapotban tartása
- Fészekrakó helyek kezelése
- A vonulási útvonalak kiemelt helyei védelmének biztosítása
- Villamos hálózatok madárbaráttá tétele
- Kutatás folytatása
- Társadalmi tudatosság növelése
Gyakorlati természetvédelmi beavatkozások a fehér gólya védelmében